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样本illimuna文件fastq下载

下载成功后的文件夹如下所示: 972M Jul 4 05:18 cellranger-4.0.0.tar.gz 11G Jun 23 02:04 refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz. 因为不做小鼠的数据，所以我只是下载了 refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz 这个数据库文件。 再看看我们的10x下机后的fastq数据文件

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测序数据FASTQ文件 . 1） 文件用途：样品测序返回的数据一般存储为fastq文件，通常是压缩文件 filename.fq.gz 的格式，节省存储空间和传输时间。 NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估 . 2） 查看方式 # zcat查看gzip压缩的文件 # head -n 8 显示前8行文件内容（前8行代表2条 fastqc对原始测序reads质控ncbi的blast++软件使用说明书sra工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式目录一：下载安装该软件二：准备数据三：运行命令四：输出文件解读正文一：下载安装该软件在ncbi的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接wget ftp:ftp.ncbi.nlm.nih.govblast 首先，您将创建一个名为“清单文件”的文本文件，它将示例标识符映射到fastq.gz或fastq的绝对文件路径(absolute filepaths)#Absolute_and_relative_paths)，其中包含示例的序列和质量数据（即，这些是fastq文 … 滑动下面的滑动条，能看到FASTQ Aspera，这就是aspera下载链接。若没有看到，可点击右上角的倒三角图样，把fastq_aspera勾选了。其他的信息按自己要求也可以勾选。 这里就以单个文件为例演示下载。 这是上面图片看到第一个aspera下载链接。 下载成功后的文件夹如下所示: 972M Jul 4 05:18 cellranger-4.0.0.tar.gz 11G Jun 23 02:04 refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz. 因为不做小鼠的数据，所以我只是下载了 refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz 这个数据库文件。 再看看我们的10x下机后的fastq数据文件 可以用ascp快速的来下载 sra 文件，也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件（但是wget和curl下载的sra文件有时候会不完整），另外NCBI的sratoolkit 工具集中的prefetch、fastq-dump和sam-dump也支持直接下载，另外biostar handbook中有一个wonderdump脚本也方便下载数据，我以前还用过迅雷下载sra文件 首先，您将创建一个名为“清单文件”的文本文件，它将示例标识符映射到fastq.gz或fastq的绝对文件路径(absolute filepaths)#Absolute_and_relative_paths)，其中包含示例的序列和质量数据（即，这些是fastq文 … 如何挑选宏基因组样本 09/09 1,828; 转录组入门（2）：读文章拿到测序数据 02/25 13,200; 安装和使用SRA toolkit 02/25 9,363; 宏基因组SOAPdenovo组装 01/05 2,053; 宏基因组binning-CONCOCT 01/05 1,882; SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 08/14 15,885 很容易就下载了8个测序文件，每个样本的数据大小，测序量如下 621M Jun 27 14:03 SRR1042593.sra (16.9M reads) 2.2G Jun 27 15:58 SRR1042594.sra (60.6M reads) 使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件，并转换为FASTQ格式，--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分，如果是单端不受影响。--gzip转换fastq为压缩文件，节省空间。 下载的数据集一般比较大，放入后台不中断下载 (nohup cmd &)。 SRR文件.

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2017)提供的交互式图表可以同时呈现整体样本层面与单个基因层面的数据， RNA样品分三个批次使用Illumina HiSeq 2000进行测序，得到长为100碱基对的单端序列片段。 下载文件GSE63310_RAW.tar，并从压缩包中解压出相关的文件。 意事项：对于下载的每一套数据和每一个样本的数据，要做好疾病信息，样本. 信息的 Step8:利用“SRA software”完成短序列数据格式的转换过程，生成fastq格式的文. 件 Step4: 结果文件的数据格式转化（SAM 文件-BAM 文件-BED 文件）. 在打开弹出层中选择您要分析样本所在的文件夹（如下图）。 此处输入图片的 Phred编码值：碱基的质量编码标示，illumina平台一般都是Phred33。 物种：测序  爱问共享资料Illumina测序基础知识文档免费下载，数万用户每天上传 一个碱基的质量分数，不是以数字方式，直接记录到最后的Fastq文件的。 什么是Index明E是因为Illumina的评委会个测序量很大往往一个样本用 碱基序列对应的质量分数信息这个就是Fastq文件到Fastq文件之后测序  R的安装分为两类，一类为下载原代码编译安装，一类为使用编译好的安装文件安装 现在有一个sequence文件（比如fasta, fastq, BAM, gff, bed, 或者wig）需要读  illumina下fastq文件命名. FASTQ文件在Illumina下通常会被命名为 SampleName_S1_L001_R1_001.fastq.gz 比如 NTC_S11_L001_R1_001.fastq.gz 其被下划线_分为了五个部分： 第一部分：SampleName，样本名，与上机时在Sample Sheet中填写的一致 第二部分：S1，S*，S后跟的数字与样本在Sample Sheet中的 8.进入数据下载页面，下载fastq格式原始测序数据.

GEO专题 高通量测序数据的GEO上传攻略！ - 360doc个人图书馆

1） 文件用途：样品测序返回的数据一般存储为fastq文件，通常是压缩文件 filename.fq.gz 的格式，节省存储空间和传输时间。 NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估 . 2） 查看方式 # zcat查看gzip压缩的文件 # head -n 8 显示前8行文件内容（前8行代表2条 fastqc对原始测序reads质控ncbi的blast++软件使用说明书sra工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式目录一：下载安装该软件二：准备数据三：运行命令四：输出文件解读正文一：下载安装该软件在ncbi的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接wget ftp:ftp.ncbi.nlm.nih.govblast 首先，您将创建一个名为“清单文件”的文本文件，它将示例标识符映射到fastq.gz或fastq的绝对文件路径(absolute filepaths)#Absolute_and_relative_paths)，其中包含示例的序列和质量数据（即，这些是fastq文 … 滑动下面的滑动条，能看到FASTQ Aspera，这就是aspera下载链接。若没有看到，可点击右上角的倒三角图样，把fastq_aspera勾选了。其他的信息按自己要求也可以勾选。 这里就以单个文件为例演示下载。 这是上面图片看到第一个aspera下载链接。 下载成功后的文件夹如下所示: 972M Jul 4 05:18 cellranger-4.0.0.tar.gz 11G Jun 23 02:04 refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz. 因为不做小鼠的数据，所以我只是下载了 refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz 这个数据库文件。 再看看我们的10x下机后的fastq数据文件 可以用ascp快速的来下载 sra 文件，也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件（但是wget和curl下载的sra文件有时候会不完整），另外NCBI的sratoolkit 工具集中的prefetch、fastq-dump和sam-dump也支持直接下载，另外biostar handbook中有一个wonderdump脚本也方便下载数据，我以前还用过迅雷下载sra文件 首先，您将创建一个名为“清单文件”的文本文件，它将示例标识符映射到fastq.gz或fastq的绝对文件路径(absolute filepaths)#Absolute_and_relative_paths)，其中包含示例的序列和质量数据（即，这些是fastq文 … 如何挑选宏基因组样本 09/09 1,828; 转录组入门（2）：读文章拿到测序数据 02/25 13,200; 安装和使用SRA toolkit 02/25 9,363; 宏基因组SOAPdenovo组装 01/05 2,053; 宏基因组binning-CONCOCT 01/05 1,882; SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 08/14 15,885 很容易就下载了8个测序文件，每个样本的数据大小，测序量如下 621M Jun 27 14:03 SRR1042593.sra (16.9M reads) 2.2G Jun 27 15:58 SRR1042594.sra (60.6M reads) 使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件，并转换为FASTQ格式，--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分，如果是单端不受影响。--gzip转换fastq为压缩文件，节省空间。 下载的数据集一般比较大，放入后台不中断下载 (nohup cmd &)。 SRR文件. Run和Library_Name的对应关系如下 也就是要以第二列代替第三列，所以简单的rename命令不行，因为这些名字之间㐊简单的替换.

Targeted Next-generation Sequencing and ... - JoVE

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Fastq格式. 二代测序平台获得的原始数据为fastq（或为压缩文件fq.gz）格式，包含双末端测序所得的正向和反向两个文件（通常用“1”和“2”来区分），如下所示： FASTX-Toolkit FASTX-Toolkit介绍 背景介绍. 高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端，去除N较多的reads等，针对高通量测序数据的质控软件有很多 5/3/2021 · FASTQ 文件（原始 read 您会注意到用于存储下载的文件名被输出到屏幕上（但没有保存到任何地方），以便以后调用 getGEO 获取到了这些信息，就可以进行批量下载了。 我们以下载前 5 个样本 illumina下fastq文件命名. FASTQ文件在Illumina下通常会被命名为 SampleName_S1_L001_R1_001.fastq.gz 比如 NTC_S11_L001_R1_001.fastq.gz 其被下划线_分为了五个部分： 第一部分：SampleName，样本名，与上机时在Sample Sheet中填写的一致 第二部分：S1，S*，S后跟的 请求系统根据样本信息生成SampleSheet，并下载到本地下机数据目录。 运行bcl2fastq分拆数据。 分拆成功后，更新系统中相关的Sample状态，标识该样本数据已经分拆过，避免重复运行。 在pipeline起始输入端，匹配分拆后的数据输入目录。必要时候使用正则表达式匹配。 本文从数据下载，数据处理开始讲一下测序深度的查询方式. FASTQ文件获取. 如果你们实验室是自己测序的，fastq文件会由测序公式直接返回给你，直接跳过此步进入下一个模块的处理就好。如果你是想练习一下，可以根据这一步骤下载你想要的fastq文件。 缺点：每个样本的数据都单独储存在一个文件中，如果要下载RNA表达量数据的话，可能同一种癌症需要下载好几百个文件，并且需要排队下载，有时候很慢很慢很慢 >Firehose服务器：gdac.broadinstitute.org 对于双端测序的运行，将为每个流动槽上每条通道的每个样品各创建一个R1和一个Read 2（R2）FASTQ文件。 FASTQ文件是使用扩展名*.fastq.gz压缩和创建的。 FASTQ文件是什么样的？ 对于每个通过质控参数的簇，一个序列被写入相应样本的R1 FASTQ文件，而对于双端测序运行 使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件，并转换为FASTQ格式，--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分，如果是单端不受影响。--gzip转换fastq为压缩文件，节省空间。 下载的数据集一般比较大，放入后台不中断下载 (nohup cmd &)。 2）对应库文件的下载 官方已经提供了用于cellranger分析的了人（Human reference (GRCh38)及Human reference (hg19)），小鼠（Mouse）及Human (hg19) and mouse 的reference。 如果您的样本来自这两个物种建议直接下载用于后续的分析，下载路径同上。 下载完成后，每个样本会有 3 个 fastq 文件，分别对应 *_1.fastq.gz 和 *_2.fastq.gz ，以及一个只有几百K没什么用的 fastq 文件，比如下面这个样本： 442K SRR3182418_exome_sequencing_of_case5_germline.fastq.gz 3.3G SRR3182418_exome_sequencing_of_case5_germline_1.fastq.gz 3.4G SRR3182418_exome_sequencing_of_case5_germline_2.fastq.gz ILLUMINAPROPRIETARY Part#15038058RevB March2013 bcl2fastqConversion UserGuide Version1.8.4 FORRESEARCHUSEONLY Introduction 3 Installingbcl2fastq 8 BclConversionInputFiles 9 请注意，最新版本的illumina软件会输出样本编号（从样本表中读取替代）代替索引序列。例如，以下情况可能出现在批次的第一个样本中： @eas139:136:fc706vj:2:2104:15343:197393 1:n:18:1 ncbi sra数据. 来自ncbi/ebi sra数据库的fastq文件通常包含如下一个描述： 制作config文件的作用: 从NCBI上下载SRA数据，之后再转成 fastq.gz格式，在此过程中把原本的文件名（SRR号）改成在跑流程时可以区分各样本的文件名，生信分析中 文件命名很重要，生成fastq文件时，如果不进行更改操作就会直接生成 SRR****.fastq.gz ，我们不能这样，只有这些SRR号我们根本不知道这些样品 直接下载 ERR732926 样本的文件，默认放入 ~//ncbi/public/sra 目录下.

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列举cart_0.krt文件的内容. fastq-dump General: -h | --help Displays ALL options, general usage, and version information.-V | --version Display the version of the program. 下载完成后，每个样本会有 3 个 fastq 文件，分别对应 *_1.fastq.gz 和 *_2.fastq.gz ，以及一个只有几百K没什么用的 fastq 文件，比如下面这个样本： 442K SRR3182418_exome_sequencing_of_case5_germline.fastq.gz 3.3G SRR3182418_exome_sequencing_of_case5_germline_1.fastq.gz 3.4G SRR3182418_exome_sequencing_of_case5_germline_2.fastq… 完成后可以看到 data 目录下新增了2个文件 SRR955386_1.fastq 和 SRR955386_2.fastq.

2） 查看方式 # zcat查看gzip压缩的文件 # head -n 8 显示前8行文件内容（前8行代表2条 首先，您将创建一个名为“清单文件”的文本文件，它将示例标识符映射到fastq.gz或fastq的绝对文件路径(absolute filepaths)#Absolute_and_relative_paths)，其中包含示例的序列和质量数据（即，这些是fastq文件）。 滑动下面的滑动条，能看到FASTQ Aspera，这就是aspera下载链接。若没有看到，可点击右上角的倒三角图样，把fastq_aspera勾选了。其他的信息按自己要求也可以勾选。 这里就以单个文件为例演示下载。 这是上面图片看到第一个aspera下载链接。 FASTQ是一种存储了生物序列（通常是核酸序列）以及相应的质量评价的文本格式。它们都是以ASCII编码的。几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式，多了一些描述性词汇而已。 可以用ascp快速的来下载 sra 文件，也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件（但是wget和curl下载的sra文件有时候会不完整），另外NCBI的sratoolkit 工具集中的prefetch、fastq-dump和sam-dump也支持直接下载，另外biostar handbook中有一个wonderdump脚本也方便下载数据，我以前还用过迅雷下载sra文件 数据下载. 这次用到的单细胞数据来自于文献 Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing.作者并没有公布处理完的数据,只把原始测序数据上传到了 NCBI 的 SRA 数据库, 一共 10 个 synchronous ductal carcinoma. 为了方便处理,我们将数据按照样本来源分别下载存储,在下载时遵循以下顺序: genomics / illumina2cluster / demultiplex_undetermined_fastq.py / Jump to. Code definitions.

FASTQ文件解读 - 测序 - Illumina

SAMN09837892 Lib_FUSCCTNBC158.TT_WES SRR7696207 FUSCCTNBC158_FrozenPrimaryTumorTissue SAMN09838014 Lib_FUSCCTNBC337.TT_WES SRR8517853 FUSCCTNBC337_FrozenPrimaryTumorTissue SAMN09837870 … 那么怎么找SRR和GSM之间的关系呢？ 直接在GEO搜索SRR4061391 ，结果如下：. 终于找到了对应关系，SRX2050530: GSM2274293: 1772096111_A02; Mus musculus; RNA-Seq GSM2274293包含了两个SRR文件。 总结：到目前为止，已经能手动查找到下载的SRR文件对应的样品信息了。 得到样本的.sra数据后,我们仍需要转换为.fa数据:--split-3: 拆分文件,如果得到的.sra文件是单末端,那么这个参数就会被忽略;如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开。 fastq-dump [-O ] –split-3 单样本识别和联合分析流水线的流程 单样本流水线假设我们从初始 FASTQ 文件入手，为整个样本运行从 BWA-Mem 到 GATK HaplotypeCaller 的阶段。所有样本都通过单样本流水线进行处理后，由 Haplotype Caller 生成的每样本 GVCF 将被传递到联合分析流水线进行队列研究；最 使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件，并转换为FASTQ格式，--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分，如果是单端不受影响。--gzip转换fastq为压缩文件，节省空间。 下载的数据集一般比较大，放入后台不中断下载 (nohup cmd &)。 NanoPlot --fastq MinION.fastq.gz \ -o fastq-plots \ --maxlength 40000 \ -t 8 \ --plots hex dot. 以guppy碱基识别后生成的统计文件sequencing_summary.txt为输入，指定长度进行对数转换(便于观察分布)。注：grppy统计的结果要比直接使用数据统计的结果要更丰富，推荐。 {img1下载 笔记本: 概述. 本 首先，让我们下载一个样本 fastq 文件 如您所见，返回的 fastq_data 具有 fastq_data.sequences，后者是 fastq 文件中所有序列的字符串张量（大小可以不同）；并具有 fastq_data.raw_quality，其中包含与在序列中读取的每个碱基的质量有关的 宏基因组测序包括了样本中所有的DNA信息，当样本取自人类粪便样本时一般会包括人类基因组的序列以及微生物的序列，所以需要去除这些人类基因组的污染序列，否则会对后续的分析造成影响，采用Bowtie2将质控后的数据与人类参考基因组进行比对，可以区分出人类和微生物的序列，从而进一步 本次测序采用Hiseq SE50 模式（双端测序PE：paired-end），每一个样本分别有R1.fastq和R2.fastq 两个文件，分别代表5’ -> 3’和 3’->5’的测序结果。R1.fastq与R2.fastq中的文件行数是一致的，且根据 reads name 一一对应。 哈喽，大家好，好久不见，今日分享代码如题——如何对fastq文件进行批量处理？以RNAseq为例。首先大家可以回顾一下小编之前关于RNAseq数据分析的推送： [干货 | 一文教会你如何采用Linux系统处理RNAseq测序数据] 在熟悉单一样本的分析后，如何批量处理文件并在后台运行程序从而解放自己的电脑和 第一列是样本名称，第二列是这个样本所对应分组的编号，第三列是样本所在的分组名。 注意文件名与原始fastq数据名称要保持一致，比如： 我们有一个样本的两个fastq文件 Sample1_1.fastq 和 Sample1_2.fastq ,"样本信息文件"第一列的样本名就是"Sample1",其中"_1.fastq"和"_2.fastq" 是测序数据的标准后缀，不用把 *Filename填写的文件名称必须和上传的序列文件名称一致(后台通过表格信息关联上传的数据，如果名称不一致会提示文件缺失)，如“Filename”、“Flename2”分别填写了Sample_A.R1.fastq.gz、Sample_A.R2.fastq.gz，那么该样本的R1、R2端数据的文件名也必须是Sample_A.R1.fastq.gz 文件扩展名 描述信息 Fastq format .fastq.gz.fq.gz.fastq.bz2.fq.bz2: fastq files with constant read length BAM format .bam: Binary SAM format for use by loaders that combine alignment and sequencing data HDF5 format .bax.h5.bas.h5 下载文件后一定要记得使用md5 进行检验。 数据质控与过滤 质量统计 fastqc. 使用 fastQC 进行原始数据的质量评估。 我们可以对当前目录下的所有fastq 文件使用fastqc 进行处理。 # FASTQ文件Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基（或氨基酸）质量的文件格式。最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）开发出来，现已成为存储高通量测序数据的事实标准。以Illumina Casa… 8.进入数据下载页面，下载fastq格式原始测序数据.

2） 查看方式 # zcat查看gzip压缩的文件 # head -n 8 显示前8行文件内容（前8行代表2条 fastqc对原始测序reads质控ncbi的blast++软件使用说明书sra工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式目录一：下载安装该软件二：准备数据三：运行命令四：输出文件解读正文一：下载安装该软件在ncbi的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接wget ftp:ftp.ncbi.nlm.nih.govblast 首先，您将创建一个名为“清单文件”的文本文件，它将示例标识符映射到fastq.gz或fastq的绝对文件路径(absolute filepaths)#Absolute_and_relative_paths)，其中包含示例的序列和质量数据（即，这些是fastq文 … 滑动下面的滑动条，能看到FASTQ Aspera，这就是aspera下载链接。若没有看到，可点击右上角的倒三角图样，把fastq_aspera勾选了。其他的信息按自己要求也可以勾选。 这里就以单个文件为例演示下载。 这是上面图片看到第一个aspera下载链接。 下载成功后的文件夹如下所示: 972M Jul 4 05:18 cellranger-4.0.0.tar.gz 11G Jun 23 02:04 refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz. 因为不做小鼠的数据，所以我只是下载了 refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz 这个数据库文件。 再看看我们的10x下机后的fastq数据文件 可以用ascp快速的来下载 sra 文件，也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件（但是wget和curl下载的sra文件有时候会不完整），另外NCBI的sratoolkit 工具集中的prefetch、fastq-dump和sam-dump也支持直接下载，另外biostar handbook中有一个wonderdump脚本也方便下载数据，我以前还用过迅雷下载sra文件 首先，您将创建一个名为“清单文件”的文本文件，它将示例标识符映射到fastq.gz或fastq的绝对文件路径(absolute filepaths)#Absolute_and_relative_paths)，其中包含示例的序列和质量数据（即，这些是fastq文 … 如何挑选宏基因组样本 09/09 1,828; 转录组入门（2）：读文章拿到测序数据 02/25 13,200; 安装和使用SRA toolkit 02/25 9,363; 宏基因组SOAPdenovo组装 01/05 2,053; 宏基因组binning-CONCOCT 01/05 1,882; SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 08/14 15,885 很容易就下载了8个测序文件，每个样本的数据大小，测序量如下 621M Jun 27 14:03 SRR1042593.sra (16.9M reads) 2.2G Jun 27 15:58 SRR1042594.sra (60.6M reads) 使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件，并转换为FASTQ格式，--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分，如果是单端不受影响。--gzip转换fastq为压缩文件，节省空间。 下载的数据集一般比较大，放入后台不中断下载 (nohup cmd &)。 SRR文件. Run和Library_Name的对应关系如下 也就是要以第二列代替第三列，所以简单的rename命令不行，因为这些名字之间㐊简单的替换. SAMN09837892 Lib_FUSCCTNBC158.TT_WES SRR7696207 FUSCCTNBC158_FrozenPrimaryTumorTissue SAMN09838014 Lib_FUSCCTNBC337.TT_WES SRR8517853 FUSCCTNBC337_FrozenPrimaryTumorTissue SAMN09837870 … 那么怎么找SRR和GSM之间的关系呢？ 直接在GEO搜索SRR4061391 ，结果如下：.

Code definitions. Code navigation index up-to-date Go to file Go to file T; Go to line L; Go to definition R; Copy path Cannot retrieve contributors at this time. executable file 246 lines (208 sloc) 8.99 KB Raw Blame #!/usr 如何挑选宏基因组样本 09/09 1,828; 转录组入门（2）：读文章拿到测序数据 02/25 13,200; 安装和使用SRA toolkit 02/25 9,363; 宏基因组SOAPdenovo组装 01/05 2,053; 宏基因组binning-CONCOCT 01/05 1,882; SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 08/14 15,885 SRR文件. Run和Library_Name的对应关系如下 也就是要以第二列代替第三列，所以简单的rename命令不行，因为这些名字之间㐊简单的替换. SAMN09837892 Lib_FUSCCTNBC158.TT_WES SRR7696207 FUSCCTNBC158_FrozenPrimaryTumorTissue SAMN09838014 Lib_FUSCCTNBC337.TT_WES SRR8517853 FUSCCTNBC337_FrozenPrimaryTumorTissue SAMN09837870 Lib_FUSCCTNBC123.TT_WES SRR8517854 bcftbx.IlluminaData.get_unique_fastq_names (fastqs) ¶ Generate mapping of full fastq names to shorter unique names.